주식매수청구권 행사 vs 장내매도 — 청구가가 더 높아도 소액주주는 양도세 22%·거래세 0.35%를 따져야 한다

합병에 반대하는 주주는 회사에 주식을 사 달라고 청구할 수 있습니다. 매수청구가가 지금 주가보다 높으면 청구가 당연히 이득처럼 보이지만, 매수청구는 증권시장 밖에서 회사에 파는 거래입니다. 그래서 장내에서 팔면 세금이 없는 소액주주도 매수청구분에는 양도소득세 22%(지방소득세 포함)와 증권거래세 0.35%를 냅니다. 취득가가 낮을수록 청구가가 높아도 장내매도가 이길 수 있습니다.

1. 매수청구분은 소액주주도 양도소득세 대상

소득세법 §94①3가2)는 「1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등」을 과세 대상으로 정합니다. 이 조문 단서가 빼 주는 매수청구는 주식의 포괄적 교환·이전에 대한 매수청구뿐입니다. 합병·분할합병 반대주주의 매수청구를 빼 주는 규정은 없습니다.

실제 신고서도 같은 내용을 안내합니다. ㈜엔피·㈜위지윅스튜디오 합병 증권신고서(2026-04)는 매수청구가 장외거래라며 「거주자인 경우에는 양도차익의 22%(지방소득세 포함)에 상당하는 양도소득세를 납부하여야 합니다」, 「대주주로서 1년 미만 주식을 보유한 경우 양도소득세율은 33%(지방소득세 포함)가 적용되고, 1년 미만 보유 주식이 아닌 경우 22% ~ 27.5%(지방소득세 포함)가 적용됩니다」라고 적고, 이어서 「주식매수청구권을 행사하는 경우 양도가액의 0.35%에 해당하는 증권거래세가 과세됩니다」라고 밝힙니다.

증권거래세는 국세청 회신도 같습니다. 합병 반대주주의 매수청구를 물은 서면인터넷방문상담3팀-318(2006-02-20)은 「주식매수청구권을 행사하여 주권을 양도하는 경우에는 증권거래세법 제1조 및 제2조 규정에 의거 증권거래세 과세대상에 해당하는 것입니다」라고 회신했습니다. 장외 양도 세율은 증권거래세법 §8①의 1만분의 35입니다.

2. 같은 주식, 파는 길에 따라 달라지는 세금·비용

양도시기는 대금을 청산한 날(§98), 즉 회사의 매수대금 지급일입니다. 지급일이 1~6월이면 8월 31일, 7~12월이면 이듬해 2월 말일까지 예정신고합니다. 신고서는 거래세 등이 「원천징수 되지 않는 경우 주주가 직접 신고납부 의무를 부담하게 될 수 있으니」 유의하라고 적고 있습니다.

3. 위지윅스튜디오 사례 — 취득가 600원이면 청구가 유리

위지윅스튜디오의 매수청구가는 459원, 합병비율은 엔피 1주당 위지윅 0.5774514주였습니다(신고서 실제 값). 여기에 가상 조건을 붙여 계산해 보겠습니다: 10,000주 보유, 평균 취득가 600원, 지금 장내가 440원, 코스닥(거래세 0.20%), 위탁수수료 0.015%, 올해 다른 양도소득 없음.

차손이라 양도세가 없으니 매수청구가 183,395원 유리합니다. 이때 손익분기 장내가는 459원 — 청구가와 같습니다. 장내가가 459원 이상이면 장내매도가 같거나 낫습니다. 거래세 차이(0.35% vs 0.20%)가 그만큼 상쇄하기 때문입니다.

합병 신주를 받아 합병 후 780원(가상)에 판다면 5,774주 + 단주 0.514주(현금 400원)로 4,494,438원이라, 이 조건에서는 매수청구가 79,497원 앞섭니다. 신주 경로가 매수청구를 이기려면 합병 후 주가가 794원 이상이어야 합니다.

4. 취득가 100원이면 — 장내가 435원만 넘어도 장내매도

같은 조건에서 평균 취득가만 100원(총 1,000,000원)이라고 해 보겠습니다. 매수청구분 양도차익은 4,590,000 − 1,000,000 − 16,065 = 3,573,935원, 기본공제 250만원을 빼면 과세표준 1,073,935원이고 양도세 214,787원 + 지방소득세 21,478원 = 236,265원입니다.

청구가가 19원 높은데도 장내매도가 52,870원 더 남습니다. 손익분기 장내가는 435원 — 청구가보다 24원 낮습니다. 장내가 435원에서는 장내매도 4,340,648원이 매수청구 4,337,670원을 넘고, 434원에서는 뒤집힙니다. 신주를 받아 780원에 팔 수 있다면 그쪽(4,494,377원)이 가장 많지만, 합병 후 주가는 예측값이라 위험을 함께 따져야 합니다.

5. 대주주·포괄적 교환·자기주식 소각

• 대주주(시행령 §157)는 장내매도도 과세라 양도세 차이가 거의 사라지고 거래세·가격 차이만 남습니다. 1년 이상 보유분은 과세표준 3억원 이하 20%, 초과분 25%(지방 별도)입니다. 기준은 대주주 양도세율 글을 참고하세요.
• 주식의 포괄적 교환·이전 반대주주의 매수청구는 §94①3가2) 단서로 소액주주 양도세 대상에서 빠집니다. 합병과 결론이 다릅니다.
• 회사가 매수청구로 산 주식을 소각하면 의제배당 문제가 생길 수 있습니다. 국세청은 「단순한 주식매매인 경우에는 양도소득에 해당하는 것이나 주식소각이나 자본감소 절차의 일환인 경우에는 배당소득(의제배당)에 해당」한다는 입장이고(서면1팀-1565), 비상장회사의 전직 이사·대표이사가 상법 §341의2 매수청구로 양도한 주식을 유상감자의 일환으로 보아 의제배당 과세를 유지한 판결도 있습니다(서울행정법원 2014구합8742). 현재 상장사 합병 신고서들은 양도소득세로 안내하지만, 휴맥스 주요사항보고서(회사합병결정)처럼 매수청구로 취득한 자기주식을 「전량 소각할 예정」이라고 적는 경우도 있으니 신고서의 세금 안내와 자기주식 처리 계획을 꼭 읽으세요. 자사주 소각과 의제배당의 관계는 자사주 공개매수 의제배당 글에 정리했습니다.
• 2027년 이후 지급분: 2026 정부 세제개편안은 2027-01-01 이후 자기주식 취득분을 목적과 관계없이 의제배당으로 과세하는 내용(장내거래 예외)입니다(법무법인 태평양, 2026-08-21). 국회 통과 전이고 매수청구에 어떻게 적용될지는 확정 문언으로 확인해야 합니다.

6. 청구 전에 확인할 위험

매수청구는 행사한 뒤 회사 동의 없이 철회하기 어렵고, 지급일까지 그 주식을 팔 수 없습니다. 매수청구 총액이 계약상 한도를 넘어 합병이 해제되면 청구도 효력을 잃고, 그사이 주가가 떨어져 있을 수 있습니다. 가격에 이의가 있으면 법원에 매수가격 결정을 청구할 수 있지만(자본시장법 §165의5③) 시간이 걸립니다. 매수청구가가 어떻게 정해지는지는 매수청구가격 계산법, 신주 수는 합병비율·신주 계산에 정리했습니다. 공개매수 응모와 비교하면 구조가 거의 같습니다(공개매수 응모 vs 장내매도).