「양도세는 매수인 부담」 특약, 1차분만인가 전부인가 — 2024년 11월 해석 변경과 계약서 문구

매매계약서 특약란에 「양도소득세는 매수인이 부담한다」고 쓰는 거래, 흔히 손피(손에 쥐는 프리미엄)라고 부릅니다. 매수인이 대신 낸 세금도 양도 대가라서 양도가액에 더해지고, 더해진 만큼 세금이 또 늘어납니다. 그러면 몇 번째 세금까지 더해야 할까요? 답은 2024년 11월 7일을 기준으로 바뀌었습니다.

1. 오해 바로잡기 — 「1회분만」은 판례가 아니었다

인터넷에는 “대법원 판례상 매수인이 낸 양도세는 최초 1회분만 양도가액에 포함한다”는 설명이 많습니다. 판례 원문은 그렇게 말하지 않습니다. 이 쟁점의 출발점인 대법원 1992. 7. 14. 선고 92누2967 판결의 판결요지는 이렇습니다.

판례가 정한 것은 합산한다는 원칙뿐입니다. 몇 회분까지인지는 말하지 않았습니다. 근거 조문은 양도가액을 실지거래가액으로 정한 소득세법 제96조 제1항과, 실지거래가액을 「해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액」으로 정의한 제88조 제5호입니다. 「최초 1회」라는 한정은 행정 해석에서 나왔습니다.

2. 해석 변천 — 2516(1회분) → 2048(전부)

기획재정부는 2048에서 두 질의를 함께 받았습니다. 질의1은 계산 방법(제1안 최초 1회 합산 / 제2안 전부 합산)이고, 질의2는 적용 시기(제1안 새로운 해석 이후 결정·경정분부터 / 제2안 새로운 해석 이후 양도분부터)입니다. 회신은 「귀 질의의 경우 질의1과 질의2 모두 제2안이 타당합니다.」였습니다. 국세청은 2024. 11. 25. 보도참고자료에서 「이 해석 이후의 양도분부터 새로운 해석이 적용됩니다」라고 공지했습니다.

그래서 2024. 11. 7. 이후 양도분(양도일은 잔금 청산일)은 전부 합산하고, 그 전 양도분은 종전 해석으로 신고한 사례가 많습니다. 회신일 당일 양도분이 「이후」에 들어가는지는 문언상 분명하지 않으니 따로 확인하세요. 종전 해석 시기에도 조세심판원이 양수법인이 「실제로 지급한 금원을 모두」 양도가액으로 본 처분을 정당하다고 한 사례(조심2019서3577)가 있어, 종전 해석이 언제나 적용됐다고 단정할 수는 없습니다.

3. 계약서 문구별로 무엇이 달라지나

국세청 예시(분양권 12억 취득 → 17억 매매, 1년 이상 보유, 양도세와 지방세 합계 66%)를 계산기에 넣으면 이렇습니다. 일반 거래 세금은 328,350,000원입니다. 1차분만 부담하면 양도가액 2,028,350,000원에 세액 545,061,000원이 되고, 매도인이 216,711,000원을 더 냅니다. 전액 부담이면 매수인이 965,735,291원을 냅니다. 보도자료의 백만원 단위 수치(328·545·966)와 같습니다. 국세만 부담하는 약정이면 매수인 몫은 746,249,998원이고, 매도인이 지방소득세 74,624,999원을 냅니다.

국세청은 「매수자가 실제 지불한 양도세 및 지방세가 증빙에 의해 확인되는 경우에는 실제 지불한 금액을 양도가액에 합산」한다고도 안내했습니다. 전액 부담으로 약정했더라도 실제로 2차분까지만 낸 것이 증빙되면 그 금액(545백만원)만 더해 세액이 688백만원이 되고, 차액은 매도인 부담으로 남습니다. 반대로 「1차분만」 약정은 계약서에 범위를 분명히 써 둬야 합니다.

4. 감면 착오로 추가 고지된 세액도 매수인 몫 — 2024다322785

민사 판결도 특약을 넓게 읽습니다. 대법원 2025. 4. 15. 선고 2024다322785 판결 사안은 이렇습니다. 계약서 특약에 「양도소득세는 매수인이 부담한다.」, 잔금 때 확인서에 「매도인의 양도세 신고 및 납부는 매수인이 부담한다.」고 적혀 있었습니다. 매수인 측은 조세특례제한법 제69조 감면을 전제로 신고한 세액만 송금했고, 과세관청은 감면 대상이 아니라며 세액을 추가로 고지했습니다. 매도인이 추가 세액을 낸 뒤 매수인에게 청구했습니다. 원심은 특약을 「감면대상이 된다는 전제하에 부과되는 양도소득세만」 부담한다는 뜻으로 보고 청구를 기각했습니다. 대법원은 처분문서인 계약서의 문언상 객관적 의미와 다르게 해석한 법리오해라며 원심을 파기했습니다.

범위를 적지 않은 「매수인 부담」은 감면·비과세가 빗나가 늘어난 세액까지 매수인에게 돌아갈 수 있다는 뜻입니다. 매수인은 이 위험을 계약 전에 계산해 봐야 합니다.

5. 누가 신고하고, 언제가 양도일인가

• 납세의무자는 매도인 — 국세청 부동산거래관리과-36(2010. 1. 14.)은 매수자 부담 약정 세액을 양도가액에 포함한다고 하면서 「이 경우에도 납세의무자는 양도자가 되는 것입니다.」라고 했습니다. 매수인이 돈을 늦게 주거나 일부만 주어도 신고·납부 책임과 가산세는 매도인에게 남습니다.
• 양도일은 잔금 청산일 — 대법원 1999. 6. 22. 선고 99두165 판결은 매수인이 세액을 대납해 그 세액이 총수입금액에 포함되더라도 「그 세액의 대납일을 양도시기로 볼 것은 아니라고 할 것이다」라고 했습니다. 예정신고 기한(양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월)도 잔금일로 셉니다.
• 약정 없는 사후 대납 — 계약서에 특약이 없는데 잔금 뒤 매수인이 세금을 대신 내 주면 대가관계 여부와 증여 쟁점이 생길 수 있습니다. 계산기는 이 경우를 계산하지 않습니다. 세무 상담을 받으세요.

6. 계약서 체크리스트

1. 부담 범위 — “그 거래에서 발생하는 양도소득세 전액”인지, “최초 산출세액(1차분)”인지, 지방소득세 포함인지 숫자·산식으로 적는다.
2. 감면·비과세 전제 — 감면·비과세가 부인돼 늘어난 세액, 가산세를 누가 낼지 적는다(2024다322785).
3. 지급 방법·시기 — 예정신고 기한 전에 매도인 계좌로 보내거나 매도인 명의로 납부하는 방법과 증빙을 정한다.
4. 실거래 신고 — 신고 가격과 세액 정산 방식을 맞춘다. 거래가액을 낮춰 적는 다운계약은 위법이다(손피 vs 일반 매매 글 4절).
5. 숫자 확인 — 계산기로 전액·1차분만·국세만의 세액과 매도인 세후 수령액을 미리 뽑아 계약서에 첨부한다.