창업감면 vs 특별세액감면 중복 선택 — 통합고용세액공제와 같이 받으면 특별세액감면이 이기는 경우

감면율만 보면 창업중소기업 세액감면(50~100%)이 중소기업 특별세액감면(5~30%)보다 늘 유리해 보입니다. 하지만 실제 선택은 감면율이 아니라 최저한세를 거친 뒤 남는 금액과 함께 받을 수 있는 공제로 결정됩니다. 특히 2025년 이후 창업한 기업은 창업감면을 고르면 통합고용세액공제를 그해 함께 받지 못합니다. 조문 세 개와 가상 법인 하나로 언제 순위가 뒤집히는지 보겠습니다.

규칙 1 — 같은 사업장·같은 과세연도에는 하나만

창업감면(§6)과 특별세액감면(§7)은 둘 다 받을 수 없고 과세연도마다 하나를 고릅니다. “동일한 사업장” 기준이므로 업종별로 구분경리한 다른 사업장이라면 서로 다른 감면을 적용받을 수 있다는 해석도 있습니다(국세청 소득세과-0954, 2011.11.17.). 계산기는 하나의 감면 사업장을 가정합니다.

규칙 2 — 감면과 함께 못 받는 공제, 함께 받는 공제

§127④은 §6·§7 같은 감면과 일부 세액공제를 같은 해에 함께 받을 수 있을 때 하나만 고르게 합니다. 공제 쪽 목록은 이렇습니다.

• 통합투자세액공제(§24)는 공제 목록에 있어 §6·§7 어느 쪽과도 택일입니다.
• 통합고용세액공제(§29의8)는 공제 목록에 없습니다. 그래서 §7 과는 함께 받을 수 있습니다. §6 과는 단서 때문에 함께 받을 수 없습니다.
• 사회보험료 세액공제(§30의4)는 §7 과 동시에 적용되는 경우가 목록에서 빠져 있어 §7 과 함께 받을 수 있습니다.

단서의 적용 시기는 부칙 법률 제20617호 제2조가 정합니다 — 「제6조제7항ㆍ제13항 및 제127조제4항 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 창업중소기업을 창업하는 경우」부터(시행일 2025-01-01). 따라서 2025년 이후 창업한 기업이 이 제한을 받습니다. 또 창업감면의 고용 증가 추가감면(§6⑦)과 고용 관련 공제는 창업 시기와 상관없이 같은 해 택일입니다.

규칙 3 — 최저한세에 걸리면 공제부터 뺀다, 그리고 공제만 이월된다

감면·공제를 다 받으면 세금이 최저한세액(중소기업 법인은 과세표준의 7%) 아래로 내려갈 때, 무엇부터 덜 받느냐는 시행령이 정합니다.

세액공제(3호)를 먼저 배제하고 그래도 모자라면 감면(4호)을 배제합니다. 배제된 세액공제는 버려지지 않습니다.

반면 §6·§7 감면은 이 이월 목록에 없습니다. 정리하면 “최저한세에 막힌 공제는 이월, 막힌 감면은 소멸”입니다. 단, 창업감면 100% 연도와 §6⑦ 추가감면분은 처음부터 최저한세 대상이 아닙니다(§132①4호 가·나목).

가상 법인으로 비교 — 순위가 뒤집히는 순간

2026년 수도권 외에서 창업한 법인(소기업, §7 감면 업종), 과세표준 2억원, 법인세 산출세액 2,000만원, 최저한세 1,400만원(7%). 감면과 공제를 합쳐 줄일 수 있는 세금은 최대 600만원입니다(100% 감면 연도 제외).

②가 핵심입니다. 올해 줄어드는 세금은 똑같이 600만원이지만, B를 고르면 최저한세에 막힌 통합고용세액공제 1,000만원이 공제부터 배제된 덕분에 사라지지 않고 이월됩니다. A를 고르면 그 공제는 아예 받을 수 없고, 창업감면 400만원도 소멸합니다. 감면율이 낮은 특별세액감면이 실제로는 이기는 경우입니다.

③처럼 100% 감면 연도라면 최저한세가 없으므로 창업감면이 압도적입니다. ④는 2024년 이전 창업이라 단서가 적용되지 않아 A에서도 공제가 살아 이월되고, 대신 감면 400만원이 소멸합니다. 감면율 표의 차이는 창업감면 감면율 해설과 특별세액감면 계산 해설을 보세요.

해마다 바꿔 고를 수 있을까 — 확인된 것과 아닌 것

§127⑤는 “동일한 과세연도”에 하나만 고르라는 규정이라, 연도마다 다른 감면을 고르는 것은 문언상 막혀 있지 않아 보입니다. 다만 §6↔§7 사이를 오가는 것에 대한 직접 예규는 찾지 못했습니다. 다른 조합에 대한 오래된 회신이 있을 뿐입니다.

이 회신은 구 §30의4 공제와 구 §30의2 감면의 조합에 관한 것이라 §6·§7 에 그대로 옮길 수는 없습니다. 계산기의 “연도별 유리한 쪽 합계”는 그래서 보조 지표로만 보여 주고 “원문 확인 필요” 배지를 붙였습니다. 또 창업감면 기간은 최초 소득 연도부터 5개 과세연도로 고정되므로, 중간에 §7 을 고른 해만큼 창업감면을 받을 수 있는 해가 줄어듭니다.

이미 신고한 선택을 바꾸는 것은 경정청구 기한 안에서 가능하다는 회신이 있습니다.

5년 경로로 보면 — 일몰까지 계산에 넣어야 한다

같은 법인이 1·2년차엔 수입금액 1억4백만원 이하(소규모 감면 100%), 3년차부터 성장하는 가상 경로(산출세액 500만·800만·2,000만·4,000만·4,000만원)를 계산기로 돌리면, 전 기간 창업감면 합계는 5,700만원입니다. 특별세액감면은 현행 일몰(2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도) 기준으로 2026~2028년만 계산돼 990만원이고, 일몰 연장을 가정해도 3,390만원입니다. 소규모 감면 100% 연도는 최저한세가 없어 창업감면이 크게 앞섭니다. 이처럼 결론은 연도별 수입금액·고용공제·일몰에 따라 달라지므로 한 해만 보고 판단하지 않는 편이 안전합니다.

정리

• 같은 사업장·같은 과세연도에는 §6·§7 중 하나만(§127⑤).
• 통합투자세액공제는 둘 다와 택일, 통합고용세액공제는 §7 과 함께 가능, §6 과는 2025년 이후 창업분부터 불가(§127④ 단서).
• 최저한세 미달분은 공제부터 배제되고(시행령 §126⑤), 배제된 공제는 10년 이월(§144①), 감면은 소멸합니다.
• 그래서 최저한세에 걸리는 해에 통합고용세액공제가 있으면 감면율이 낮은 §7 이 유리할 수 있고, 100% 감면 연도에는 §6 이 유리합니다.
• §6↔§7 연도별 전환의 직접 예규는 확인되지 않았습니다. 선택 변경은 경정청구 기한 안에서.