겸용주택 양도세 계산 — 양도가액을 주택·상가로 나누는 기준시가 안분과 장기보유특별공제(표1 vs 표2)

12억원을 넘는 상가주택이나 주택 면적이 상가보다 넓지 않은 겸용주택은 주택 부분과 상가 부분의 세금을 따로 계산합니다. 출발점은 한 장의 매매계약서 가격을 주택 몫과 상가 몫으로 나누는 일이고, 계약서에 따로 적지 않았다면 기준시가 비율로 나눕니다. 아래 금액은 2026-10-14 기준 예시 기본값(기본세율 6~45%, 기본공제 250만원, 지방소득세 10%, 고가 기준 12억원)으로 계산한 참고 추정치입니다.

1단계 — 기준시가 비율로 양도가액·취득가액 안분

• 토지와 건물 등을 함께 양도해 가액 구분이 불분명하면 기준시가 등을 고려해 안분하고, 공통 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례해 나눕니다(소득세법 §100②). 안분 방법은 부가가치세법 시행령 §64①을 따르는데, 기준시가가 모두 있으면 기준시가 비율로, 감정가액이 있으면 감정가액 비율로 나눕니다(시행령 §166⑥).
• 주택 부분은 개별주택가격, 상가 부분은 국세청 건물 기준시가 + 개별공시지가 × 상가 부속토지 면적으로 안분합니다. 조세심판원 조심2016서3640은 납세자가 면적 비율로 비과세 양도차익을 계산해 신고한 사건에서 "공시된 개별주택가격(주택부분) 및 일반건축물 기준시가(상가부분)와 개별공시지가(상가부분 부속토지)를 기준으로 안분계산"한 처분을 정당하다고 봤습니다.
• 양도가액은 양도 당시, 취득가액은 취득 당시 기준시가 비율로 각각 나눕니다. 개별주택가격은 부동산공시가격알리미, 상가 건물 기준시가는 홈택스 기준시가 조회에서 연도별로 확인합니다.

2단계 — 12억 초과 비율과 장기보유특별공제

주택 부분은 1세대1주택 비과세를 받고, 주택 부분 양도가액이 12억원을 넘을 때만 넘는 비율만큼 과세합니다. 과세 양도차익 = 양도차익 × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액, 장기보유특별공제도 같은 비율을 곱합니다(시행령 §160①). 국세청 계산사례(양도 15억원·취득 8억원·필요경비 3천만원, 10년 이상 거주)는 전체 양도차익 6억7천만원 × 3/15 = 1억3,400만원, 장특공 (6억7천만원 × 80%) × 3/15 = 1억720만원으로 과세대상 양도소득금액 2,680만원을 제시합니다.

표2는 "보유기간 중 거주기간이 2년 이상"인 1세대1주택에만 적용됩니다(소득세법 §95②, 시행령 §159의4). 상가 부분은 주택이 아니므로 언제나 표1입니다. 1주택 장특공 개편안(2028~)은 2026-10 현재 국회 계류 중이라 반영하지 않았습니다.

단계표 — 20억 상가주택 (주택 300㎡ · 상가 100㎡)

취득 8억원, 양도 20억원, 기준시가 비율 주택 3 : 상가 1(양도·취득 당시 같다고 가정), 보유·거주 12년인 경우입니다(도구 계산).

두 부분의 양도소득금액을 합친 2억6,400만원에서 기본공제 250만원을 한 번 빼면 과세표준 2억6,150만원, 양도소득세 79,430,000원, 지방소득세 포함 87,373,000원입니다. 같은 건물을 한 번에 판 것이므로 두 부분을 합산해 누진세율을 적용합니다.

기준시가 비율이 바꾸는 것

주택 부분이 12억원 이하로 비과세되는 경우 세금은 상가 몫 양도차익에서만 나오므로, 주택 쪽 기준시가 비율이 높을수록 세금이 줄어듭니다. 16억원 양도·취득 4억원·보유거주 10년 상가주택(주택 145㎡·상가 140㎡)에서 주택 비율(양도·취득 당시 동일 가정)을 바꿔 보면(도구 계산):

10%p 차이에 4천만원 넘게 움직이지만, 비율은 공시가격이 정하는 것이라 임의로 고를 수 없습니다. 같은 건물에서 기준시가 비율(814 : 786) 대신 면적 비율(145 : 140)로 나누면 이 사례에서는 세액이 177,694,000원 → 177,860,736원으로 비슷하지만, 주택 공시가격과 상가 기준시가의 단가 차이가 큰 건물일수록 결과가 크게 달라집니다.

토지와 건물 취득일이 다르면(신축 상가주택)

땅을 먼저 사고 나중에 상가주택을 지었다면 토지와 건물의 보유기간이 다릅니다. 토지는 토지 취득일부터, 건물은 사용승인일부터 셉니다. 주택 부수토지는 나대지였던 기간에는 표2를 쓸 수 없어, 「토지 전체 보유기간 표1」과 「신축일부터 보유·거주 표2」 중 큰 공제율을 적용한다고 보는 해석(부동산거래관리과-696, 원문 확인 필요)을 계산기 신축 모드에 반영했습니다. 신축 5년 내 환산취득가액 가산세는 환산취득가액 계산기에서 따로 확인하세요.