ISA 손익통산은 대칭이 아닙니다 — 국내 상장주식은 이익은 빼고 손실만 합쳐집니다

ISA를 설명하는 거의 모든 자료가 「손익통산」을 첫 줄에 적습니다. 그런데 무엇과 무엇이 통산되는지를 조문으로 확인해 보면, 이 제도는 대칭이 아닙니다. 국내 상장주식에서 번 돈은 통산에 들어가지 않고, 잃은 돈만 들어갑니다. 부호에 따라 같은 금액이 계산에 들어가기도 하고 빠지기도 합니다. 왜 그런지, 그리고 어디까지가 그런지 조문 순서대로 따라가 보겠습니다.

1. 통산되는 것은 「이자소득과 배당소득」뿐입니다

출발점은 조세특례제한법 제91조의18 제1항입니다. 이 조항은 과세특례의 대상 소득을 이렇게 한정합니다 — 계좌에서 발생하는 이자소득과 배당소득의 합계액 중 비과세 한도금액까지는 소득세를 부과하지 않고, 초과분에는 소득세법 제129조에도 불구하고 100분의 9의 세율을 적용하며, 종합소득과세표준에 합산하지 않습니다.

그리고 제5항이 손익통산을 정합니다. 문언은 「이자소득등에서 손실을 차감한다」는 구조입니다. 즉 차감의 출발점(분자)에 올라오는 것은 이자소득과 배당소득뿐이고, 손실은 거기서 빼는 항목입니다.

2. 그런데 손실은 들어갑니다

여기서 제도가 비대칭이 됩니다. 조세특례제한법 시행령 제93조의4 제9항이 손실의 범위를 정하는데, 본문이 이렇게 씁니다 — 투자대상자산에서 발생한 손실(재정경제부령으로 정하는 주식에서 발생한 양도차손을 포함한다).

그 「재정경제부령으로 정하는 주식」이 무엇인지는 시행규칙 제42조의3 제1항이 특정합니다.

국회예산정책처가 2026년 4월에 낸 NABO Focus 제156호도 ISA의 세제혜택을 정리한 표에서 같은 표현을 씁니다 — "비과세 200만원(서민·농어민형 400만원) 및 분리과세 9.9%, 손익통산(국내 상장주식 양도차손 포함)". 같은 보고서 각주 9는 한 걸음 더 들어가 "국내 상장주식·펀드의 양도차익은 비과세 대상(대주주 분 제외)이나 배당금(분배금)은 배당소득으로 과세되므로, ISA 투자 시 배당금에 과세특례가 적용되며 다만 손실 발생 시 손익통산이 가능하다"는 취지로 적습니다. 괄호 안의 대주주 제외는 아래 4절에서 다시 다룹니다.

정리하면 이렇습니다.

3. 숫자로 보면 — 같은 300만원, 다른 취급

아래는 계산 구조를 보여 주기 위한 가정값이며 특정 상품의 수익률 전망이 아닙니다. 1년 동안 ISA 계좌에서 이런 손익이 났다고 가정합니다.

일반계좌라면 과세대상은 580만원입니다. 이자·배당 이익만 세고, 주식에서 난 300만원 손실은 세금을 한 푼도 줄이지 못합니다. 손실은 그냥 버려집니다.

ISA라면 통산 대상 소득 580만원에서 주식 양도차손 300만원을 빼 280만원이 과세대상 순소득입니다.

4. 대주주는 이 혜택이 없습니다

위 시행규칙 제42조의3 제1항 1호 단서가 명시적으로 「소득세법 시행령」 제157조 제1항에 따른 주권상장법인대주주가 보유한 주식을 뺍니다. 같은 항 2호 단서도 같은 영 제157조 제3항에 따른 주권비상장법인의 대주주가 보유한 주식을 똑같이 뺍니다. 대주주의 주식 양도차익은 원래 양도소득세 과세대상이고, 그 손익은 ISA의 통산 구조 바깥에서 별도로 다뤄집니다.

계산기에서 「국내 상장주식 대주주입니다」 스위치를 켜면 국내 상장주식 양도차손이 통산에서 빠지고, 그만큼 ISA 순소득이 올라갑니다.

5. 펀드·ETF 껍데기 안의 국내주식 손익은 또 다릅니다

시행령 제93조의4 제9항은 본문에서 주식 양도차손을 포함시킨 다음, 단서에서 세 가지를 다시 뺍니다.

• 1호 — 배당소득에 포함되지 않는 손실
• 2호 — 집합투자기구로부터의 이익에 포함되지 않는 손실
• 3호 — 상장지수증권으로부터의 이익에 포함되지 않는 손실

국내주식형 펀드나 국내주식 ETF 안에서 발생한 국내 상장주식 매매손익이 여기에 걸립니다. 펀드·ETF의 과세대상 이익(집합투자기구로부터의 이익)을 계산할 때 국내 상장주식 매매손익은 원래 빠져 있기 때문에, 그 손실 역시 ISA 통산에 들어오지 않습니다.

그래서 계산기의 「배당소득」 칸에는 과세대상 순액을 직접 넣어야 합니다. 증권사 앱이 보여 주는 「평가손익」이 아니라, 연말에 금융기관이 산정하는 과세대상 금액이 기준입니다.

6. 분모도 다릅니다 — 보수·수수료를 뺍니다

시행령 제93조의4 제11항은 이자소득등을 「손익통산액에서 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 각종 보수·수수료 등을 뺀 금액」으로 정합니다. 일반계좌에는 이런 규정이 없습니다. 예금 이자에서 창구 수수료를 빼 주지 않는 것과 같습니다.

금액이 크지는 않지만 방향은 분명합니다. 보수가 높은 상품을 ISA에 담으면 그 보수만큼 과세표준이 줄어듭니다. 물론 보수 자체가 내 돈에서 나가는 비용이므로 "보수가 높은 게 절세에 유리하다"는 결론은 성립하지 않습니다. 세금은 보수의 9.9%~15.4%만 줄여 줄 뿐입니다.

7. 차감 순서도 법으로 정해져 있습니다

시행령 제93조의4 제10항은 손실을 어디서부터 빼는지까지 정합니다 — ① 같은 종류의 자산에서 발생한 이익에서 먼저 차감하고, ② 남으면 배당소득에서, ③ 그래도 남으면 이자소득에서 차감합니다.

현행 조문에서 이자소득과 배당소득의 세율이 같기 때문에 최종 세액은 순서와 무관합니다. 계산기도 합계만 계산합니다. 다만 세율이 소득 종류별로 달라지는 개정이 있으면 이 순서가 곧바로 금액 차이를 만들게 됩니다.

덧붙여 같은 종목을 여러 번 샀다면 취득가액은 이동평균법으로 산정합니다(시행규칙 제42조의3 제2항). 선입선출이 아닙니다.

정리

1. ISA 과세특례의 대상 소득은 이자소득과 배당소득뿐이다(조특법 제91조의18 제1항).
2. 그래서 소액주주의 국내 상장주식 양도차익은 ISA 순소득에 들어가지 않는다. 어차피 비과세라 손해도 없다.
3. 반면 양도차손은 통산에 들어간다(시행령 제93조의4 제9항 본문 + 시행규칙 제42조의3 제1항 1호). 이익은 빼고 손실만 합치는 비대칭이다.
4. 대주주 보유분은 제외되고, 펀드·ETF 안의 국내주식 손익도 단서 2호·3호로 빠진다.
5. 통산액에서 보수·수수료를 빼고(제11항), 차감 순서는 같은 종류 → 배당 → 이자(제10항)로 법정돼 있다.