포괄양도가 부인되면 얼마를 내나 — 가산세와 사업양수인 대리납부
포괄양도양수 판정은 사실관계로 갈립니다. 판정이 틀리면 돈이 나갑니다. 방향은 두 가지입니다. 포괄양도로 처리했는데 부인되면 매도인이 본세와 가산세를 냅니다. 반대로 포괄양도인데 세금계산서를 주고받고 매입세액을 공제받았다면 매수인이 공제받은 세액을 토해냅니다. 이 위험을 지우는 장치가 부가가치세법 제52조 제4항의 사업양수인 대리납부입니다.
실패 (A) — 포괄양도로 처리했는데 부인됨
세무서가 포괄양도 요건을 갖추지 못했다고 보면, 그 거래는 건물분 과세 공급이었던 것이 됩니다. 매도인은 받지 않은 부가세를 본세로 내고 가산세가 붙습니다. 매수인은 세금계산서를 받지 못했으므로 매입세액 공제를 받을 수 없습니다(제39조 제1항 제2호). 계약상 부가세 상당액을 따로 줬다면 그 돈은 공제되지 않는 비용이 됩니다.
건물 공급가액 4억 원, 부가세 4,000만 원, 신고기한 다음 날부터 365일 뒤 납부한 예시:
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 본세 | 건물분 부가세 | 40,000,000 |
| 세금계산서 미발급 가산세 | 공급가액 × 2% (부가법 §60②2) | 8,000,000 |
| 과소신고 가산세 | 본세 × 10% (국기법 §47의3①2) | 4,000,000 |
| 납부지연 가산세 | 본세 × 365일 × 10만분의 22 (국기법 §47의4①, 시행령 §27의4①) | 3,212,000 |
| 합계 | 55,212,000 |
가산세율·이자율은 2026-10-08 법령 기준 예시입니다. 부정행위가 있으면 과소신고 가산세가 40%이고, 수정신고 시기에 따라 과소신고 가산세가 감면될 수 있습니다(국기법 제48조 제2항). 납부지연 이자율은 법정납부기한 다음 날부터 고지일까지의 일할 이자율이며, 고지 후 지정납부기한이 지난 부분은 따로 계산합니다.
실패 (B) — 포괄양도인데 세금계산서만 주고받음
요건을 모두 갖춘 포괄양도였는데 「혹시 몰라서」 매도인이 세금계산서를 발급하고 매수인이 매입세액 4,000만 원을 공제(환급)받은 경우입니다. 국세청 심사-부가-2015-0067 결정은 사업의 포괄 양도·양수에 해당해 재화의 공급이 아닌 거래에서, 매수자가 대리납부한 사실이 확인되지 않는 이상 수취한 세금계산서의 매입세액은 공제 대상이 아니라고 봤습니다.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 공제 매입세액 추징 | 공제받은 부가세 | 40,000,000 |
| 초과환급신고 가산세 | × 10% (국기법 §47의3①2) | 4,000,000 |
| 납부지연 가산세 | × 365일 × 10만분의 22 (국기법 §47의4①2) | 3,212,000 |
| 합계 | 47,212,000 |
이때 매도인이 낸 매출세액을 어떻게 처리하는지는 사안마다 다르므로 관할 세무서에 확인해야 합니다.
안전장치 — 사업양수인 대리납부(제52조 제4항)
- 사업의 양도(이에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우를 포함)에 따라 사업을 양수받는 자는
- 대가를 지급하는 때에 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여
- 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 납부할 수 있습니다(선택).
대리납부를 하면 제10조 제9항 제2호 단서에 따라 그 거래는 사업양도 특례에서 빠지고 과세 거래가 됩니다. 매도인은 세금계산서를 발급하고, 매수인이 대리납부한 세액은 공제 매입세액에 들어갑니다(제38조 제1항 제1호 괄호). 결과적으로 (A)·(B) 어느 쪽 위험도 생기지 않습니다. 매수인은 대금 중 부가세만큼을 매도인에게 주지 않고 직접 세무서에 내는 것이라 매도인이 부가세를 받아 다른 데 써 버릴 위험도 없습니다. 요건이 애매하다면 판정에 기대기보다 대리납부로 정리하는 편이 비용이 적습니다.
매도 전에 먼저 폐업하면 — 잔존재화
사업자가 폐업할 때 남아 있는 재화는 자기에게 공급한 것으로 봅니다(제10조 제6항). 상가를 팔기 전에 임대업을 폐업하면, 매입세액을 공제받은 건물에 대해 부가세가 나올 수 있습니다. 공급가액은 시행령 제66조 제2항 제1호의 산식을 따릅니다.
- 취득가액은 매입세액을 공제받은 건물 가액(제66조 제4항)
- 경과 과세기간 수는 20을 넘으면 20 — 10년이 지나면 0원
- 과세기간 중간에 취득·폐업해도 그 과세기간 개시일(1.1 또는 7.1)에 한 것으로 봅니다(제66조 제5항)
건물 3억 원을 2020년 3월에 취득하고 2026년 10월에 폐업하면 경과 과세기간은 13, 공급가액은 3억 × 35% = 1억 500만 원, 부가세는 1,050만 원입니다. 정상적으로 세금계산서를 발급해 과세 양도하거나 포괄양도가 인정되면 이 부가세는 생기지 않습니다. 오피스텔을 분양받아 환급받은 뒤의 추징은 오피스텔 부가세 환급 추징 글에서 다룹니다.
정리
- (A) 포괄양도 부인 → 매도인 본세 + 미발급 2% + 과소신고 10% + 납부지연, 매수인 공제 불가(§39①2)
- (B) 포괄양도인데 세금계산서만 수수 → 매수인 공제 추징 + 가산세(심사-부가-2015-0067)
- 대리납부(§52④)는 「분명하지 아니한 경우」에도 쓸 수 있고, 지급일이 속하는 달의 다음 달 25일까지 납부 → 과세 거래로 정리, 매수인 공제(§38①1)
- 먼저 폐업하면 건물 잔존재화 부가세 = 취득가액 × (1 − 5% × 경과 과세기간), 20 상한(시행령 §66)
- 요건 점검은 포괄양도양수 요건 체크리스트, 부가세 금액은 토지·건물 안분 계산법
- 법제처 국가법령정보센터. 부가가치세법 제10조(재화 공급의 특례) 제1항·제6항·제9항 제2호. 원문
- 법제처 국가법령정보센터. 부가가치세법 제52조(대리납부) 제4항·제38조 제1항 제1호. 원문
- 법제처 국가법령정보센터. 부가가치세법 제39조 제1항 제2호·제60조(가산세) 제2항 제2호. 원문
- 법제처 국가법령정보센터. 부가가치세법 시행령 제66조(감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산). 원문
- 법제처 국가법령정보센터. 국세기본법 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세)·제47조의4(납부지연가산세)·제48조(가산세 감면 등). 원문
- 법제처 국가법령정보센터. 국세기본법 시행령 제27조의4(납부지연가산세의 이자율 등) 제1항. 원문
- 국세청. 심사-부가-2015-0067 결정(2015.7.24.) — 포괄양도·양수 거래에서 대리납부 없이 수취한 세금계산서의 매입세액. 원문