과점주주 간주취득세 계산법 — 비상장 지분 50% 넘으면 법인 부동산 취득세 2%를 내는 이유

주식만 샀는데 취득세 고지서가 나오는 경우가 있습니다. 비상장법인 주식을 사서 본인과 특수관계인의 지분 합계가 50%를 넘게 되면, 법은 그 주주가 법인이 가진 부동산·차량 등을 지분만큼 취득한 것으로 봅니다. 이것이 과점주주 간주취득세입니다. 세율은 일반 취득세율이 아니라 중과기준세율 2%, 과세표준은 법인 장부가액 × 지분율입니다.

1. 조문: 주식을 사면 법인 부동산을 산 것으로 본다

여기서 세 가지가 나옵니다. ① 주식을 「취득함으로써」 과점주주가 되어야 합니다 — 법인이 자기주식을 사들여 비율이 저절로 올라간 경우는 해당하지 않는다는 판례가 있습니다(자기주식 함정). ② 법인 설립 때 발행주식을 받아 과점주주가 된 경우는 취득으로 보지 않습니다. ③ 과점주주 집단은 연대납세의무를 집니다.

2. 과점주주 기준: 「100분의 50을 초과」

• 정확히 50%는 과점주주가 아닙니다. 「초과」이므로 50,000/100,000주는 해당 없고 50,001주부터 과점입니다.
• 분모 발행주식 총수에서 의결권이 없는 주식은 제외합니다(같은 조 각 호 외의 부분 괄호 「이하 이 조에서 같다」). 자기주식이 많은 법인은 실제 지분율이 생각보다 높게 계산될 수 있습니다.
• 특수관계인은 간주취득세용으로 지방세법 시행령 제10조의2가 따로 정합니다 — 친족, 주주인 임원·사용인, 본인이 직접 지배하는 법인 등. 생계를 함께하는 친족처럼 제2차 납세의무 집단에는 들어가도 간주취득세 집단에는 열거되지 않은 유형이 있으니 세목별 범위 차이를 확인하세요.
• 명의만 빌려준 주식이 아니라 권리를 실질적으로 행사하는 주식 기준입니다(대법원 2018두49376).

3. 얼마만큼 샀다고 보나 — 최초 과점은 「모두」

40%를 가진 주주가 20%를 더 사서 60%가 되면 과세 비율은 늘어난 20%가 아니라 60% 전부입니다. 이미 과점주주인 사람이 더 사면 그때부터는 이전 최고비율을 넘는 증가분만 과세합니다(시행령 §11②). 증가분·재과점 규칙은 별도 글에서 다룹니다.

4. 과세표준 = 장부가액 × 지분율

시가나 공시가격이 아니라 법인 장부의 금액입니다. 대법원은 「과세표준을 당해 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 자산총액을 기초로 산출하는 경우에는 취득의제 당시의 장부가액을 기준으로 과세표준액을 산출하여야 한다」고 했습니다(대법원 2008. 3. 14. 선고 2007두11399 판결 이유). 감가상각·재평가가 장부에 반영돼 있으면 반영된 금액, 아니면 장부에 적힌 금액 그대로입니다. 과세대상은 토지·건축물·차량·기계장비·선박·항공기·각종 회원권 등 지방세법 §7① 의 「부동산등」이고, 현금·예금·매출채권은 들어가지 않습니다.

분모 「주식 또는 출자의 총수」에 의결권 없는 주식이 들어가는지는 문언에 명시돼 있지 않습니다. 과점 판정(지방세기본법 §46)은 의결권 기준이라 계산기는 의결권 기준을 기본으로 두고 포함 옵션을 따로 두었습니다 — 해당 법인에 의결권 없는 주식이 있다면 관할 지자체에 확인하세요.

5. 세율: 중과기준세율 2%, 사치성 ×5·과밀억제 ×3

부동산을 직접 살 때의 표준세율(§11)이 아니라, 과점주주 간주취득은 2% 단일 세율입니다. 다만 법인 자산이 회원제 골프장·고급주택·고급오락장·고급선박(§13⑤)이면 2%의 5배인 10%, 과밀억제권역 본점 사업용 신·증축 건축물이나 공장 신·증설용 과세물건(§13①)이면 3배인 6%입니다.

6. 농특세 10%, 지방교육세는 없음

• 농어촌특별세법 제5조제5항: 「제1항제6호에도 불구하고 「지방세법」 제15조제2항에 해당하는 경우에는 같은 항에 따라 계산한 취득세액을 제1항제6호의 과세표준으로 본다.」 → 1항 6호 세율(100분의 10)을 곱해 취득세 × 10%.
• 지방교육세: 지방세법 제151조제1항제1호는 과세대상을 「취득물건(제15조제2항에 해당하는 경우는 제외한다)」으로 정합니다 → 간주취득세에는 지방교육세가 붙지 않습니다.

7. 예시로 계산해 보기

법인 장부: 토지 10억 원, 건물 5억 원, 차량 5천만 원(모두 일반 ×1). 아버지 등 가족 집단이 40,000/100,000주(40%)에서 20,000주를 더 사 60%가 된 경우(최초 과점).

같은 60%라도 법인이 회원제 골프장(장부 20억 원)과 일반 건물 10억 원을 갖고 있다면 과세표준 18억 원, 취득세는 골프장분 12억 × 2% × 5 = 1억 2천만 원 + 건물분 6억 × 2% = 1,200만 원 = 132,000,000원, 농특세 13,200,000원으로 크게 뛰어오릅니다. 세액은 각각 10원 미만을 절사했습니다(지방회계법 §55 — 「계산하지 아니할 수 있고」).

8. 신고기한·예외

• 신고기한: 지방세법 §20①은 「그 취득한 날 … 부터 60일」 이내 신고·납부를 정합니다. 간주취득세의 취득일은 과점주주가 된 날이고, 기한 말일이 토·일·공휴일·노동절이면 다음 날로 넘어갑니다(지방세기본법 §24①). 같은 조문은 무상취득(상속 제외)을 「취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월」로 정하는데, 증여로 주식을 받아 과점주주가 된 경우 이 기간이 적용되는지에 관한 공식 해석은 확인하지 못했습니다 — 보수적으로 60일 안에 신고하거나 관할 지자체에 확인하세요.
• 납세지: 과세물건 소재지 시·군·구마다 신고합니다(시행령 §11④는 다른 시·군·구 소재 물건의 과세자료 통보를 정합니다).
• 법인 설립 시 과점: 설립 때 발행주식을 받아 과점주주가 된 경우는 취득으로 보지 않습니다(§7⑤ 괄호). 다만 그 뒤 지분이 늘면 증가분은 과세됩니다.
• 상장법인: 유가증권·코스닥 상장법인 주식은 대상이 아닙니다. 종전 지방세특례제한법 §57의2⑤8호(상장법인 주식 취득 면제)는 2024-12-31 법률 제20632호로 삭제됐는데, 행정안전부 입법예고문은 그 이유를 「코스닥시장에 상장된 법인의 과점주주에 대해서는 납세의무가 배제됨에 따라」라고 설명합니다. 과세 확대가 아니라 정리입니다.
• 면제: 지주회사의 자회사 주식 취득, 금융기관 출자전환 등은 지특법 §57의2⑤ 각 호로 면제(현행 2027-12-31까지)될 수 있습니다. 다만 「면제」라도 최소납부세제(지특법 §177의2①)가 적용돼, 산출 취득세가 200만원 이하일 때만 전액 면제되고 넘으면 100분의 85만 감면해 15%를 냅니다 — §57의2⑤ 는 같은 조 2호의 예외 목록에 없습니다(조세심판원 조심2021지2713 사안도 85% 감면 적용). 감면세액에는 농특세 20%(농특세법 §5①1호)가 붙습니다. 또 법인 자산 중 회원제 골프장·고급주택·고급오락장·고급선박은 지특법 §177 이 「이 법의 감면을 적용할 때」 「감면대상에서 제외」하므로, 그 몫의 취득세(중과기준세율 ×5)는 면제 사유가 있어도 전액 냅니다. 지주회사가 처음 자회사로 편입하면서 과점주주가 되는 경우는 3호 면제 대상이 아니라는 해석(법제처 15-0125)도 있습니다.