입주권 장기보유특별공제는 관리처분인가일에서 멈춘다 — 64%로 신고했다가 32%로 추징된 사례와 원조합원·승계조합원 차이

재건축 입주권을 팔 때 가장 흔한 신고 실수는 장기보유특별공제 기간입니다. 「집을 산 날부터 입주권을 판 날까지」로 세면 틀립니다. 입주권 공제는 관리처분인가일에서 멈추고, 인가 뒤에 계속 살았더라도 그 기간은 보유·거주 어느 쪽에도 들어가지 않습니다.

공제 대상은 인가 전 몫, 기간은 취득일~인가일

소득세법 §95②는 조합원입주권의 장기보유특별공제를 「관리처분계획 인가 … 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정」합니다. 시행령 §166⑤1은 그 보유기간을 「기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간」으로 정했습니다. 국세청은 조합원입주권 장특공의 보유기간별 공제율을 이 기간으로 적용한다고 회신했습니다(사전-2025-법규재산-0347).

• 공제 대상 금액: 인가 전 양도차익(권리가액 − 취득가액 − 경비)만. 인가 후 프리미엄은 0입니다.
• 공제율 기간: 기존 집 취득일 ~ 관리처분인가일. 거주기간도 이 안에서만 셉니다.

표1과 표2 — 1세대1주택이면 최대 80%

국세청 사례 해설은 1세대1주택에 해당하는 조합원입주권은 최대 80%까지 적용하고, 인가일까지 10년 이상 보유·거주했다면 80%라고 안내했습니다(일간NTN 2022-08-19, 국세청 제공). 거주가 2년이 안 되면 1세대1주택이어도 표2가 아니라 표1입니다.

실수톡톡 사례 — 8년 64%가 아니라 4년 32%

국세청 「양도세 실수톡톡」에 소개된 사례입니다(한국세정신문 2024-05-23 보도). A씨는 2016년 1월 취득한 주택이 2020년 2월 관리처분계획인가로 입주권이 됐습니다. 사업이 지연돼 2023년 2월까지 계속 살다가 입주권을 양도했습니다. A씨는 취득일부터 양도일까지를 세어 1세대1주택 공제율 64%(8년)로 신고했습니다. 그러나 인가일부터 양도일까지는 보유·거주기간에서 빠져 4년 32%만 인정됐고, 5,900만원을 더 냈습니다.

이 도구의 예시로도 같은 오류를 재현할 수 있습니다. 2016-01-15 취득, 2020-02-20 인가, 권리가액 8억, 청산금 2억 납부, 2026-11-20에 18억에 양도하는 1세대1주택 입주권입니다.

오류대로 신고하면 1,020만 8천원이 과소신고되고, 나중에 가산세와 함께 추징됩니다. 인가 뒤에도 그 집에 살았다면 오류 폭은 더 커집니다.

세율 기간은 다르다 — 취득일~양도일

장특공 기간이 인가일에서 끊긴다고 세율 기간까지 끊기지는 않습니다. 원조합원이 입주권을 팔 때 세율을 정하는 보유기간은 「종전 토지 및 건물의 취득일부터 양도일까지」입니다(사전-2021-법령해석재산-1152). 입주권은 주택처럼 1년 미만 70%, 1~2년 60%입니다(§104①2·3호).

하루 차이로 2,117만 5천원이 달라집니다. 보유기간은 취득일을 넣어 세므로 「1년 뒤 같은 날의 전날」에 만 1년이 찹니다. 경계일 근처라면 하루 이틀 여유를 두는 것이 안전합니다.

승계조합원은 공제 0, 비과세도 없음

§95② 괄호는 조합원입주권 중 「조합원으로부터 취득한 것은 제외」한다고 정했습니다. 입주권을 사서 들어온 승계조합원은 장기보유특별공제가 없습니다. 또 §89①4호 입주권 비과세는 관리처분계획 인가일 현재 기존주택을 소유한 세대가 대상이라 승계조합원에게는 해당하지 않습니다.

예: 2024-05-10에 입주권을 7억 2천만원(부대비용 포함)에 사서 청산금 1억원을 내고 2026-11-30에 9억 5천만원(경비 800만원)에 팔면 양도차익 1억 2,200만원 전액이 과세표준(기본공제 후 1억 1,950만원)이 됩니다. 보유 2년이라 기본세율이고 세금은 2,902만 3,500원입니다.

준공 후 신축으로 팔면 기간을 다시 센다

입주권을 들고 있다가 준공 후 새 아파트로 팔면 계산이 달라집니다(시행령 §166②1·⑤2). 인가 후 양도차익을 청산금 낸 몫과 기존 건물 몫으로 나눕니다.

• 청산금납부분: 관리처분계획 인가일부터 신축 양도일까지
• 기존건물분: 기존 집 취득일부터 신축 양도일까지

그래서 같은 집이라도 입주권일 때보다 신축으로 팔 때 공제율이 훨씬 높아질 수 있습니다. 세후 수령액 비교는 입주권 지금 팔까, 새 아파트 받고 팔까에 정리했습니다.

2028 개편안 — 아직 미확정

2026-08-03 정부 세제개편안은 1세대1주택 장특공을 「장기거주 소득공제」로 바꾸는 내용입니다(조세금융신문 보도). 2027년까지는 현행대로 두고, 2028년 양도분은 거주 연 6% + 보유 연 2%(최대 80%, 한도 20억원), 2029년부터는 거주 연 8%만(한도 10억원) 적용합니다. 2026-10-16 현재 국회를 통과하지 않았고, 조합원입주권을 어떻게 처리할지는 원문을 확인하지 못했습니다. 계산기는 「2028 개편안」을 프리셋(공제율만)으로 두고 자동 적용하지 않습니다.

정리

• 입주권 장특공 = 인가 전 양도차익 × (취득일~인가일 보유·거주) 공제율.
• 인가 후 거주는 공제율에 들어가지 않습니다. 실수톡톡 사례는 64% → 32%로 바로잡혀 5,900만원을 더 냈습니다.
• 세율 기간은 취득일~양도일, 공제 기간은 취득일~인가일로 서로 다릅니다.
• 승계조합원은 공제 0, §89①4 비과세도 없습니다. 계산 구조 전체는 조합원 입주권 양도세 계산법에 있습니다.