자경농지 양도세 감면, 주거지역에 편입되면 — 기준시가 안분식과 「편입 3년」 함정

8년 재촌·자경 요건을 다 채워도 농지가 주거·상업·공업지역에 편입되었거나 환지예정지로 지정되었다면 감면이 줄어듭니다. 조세특례제한법 §69① 단서는 이런 농지는 「편입되거나 지정을 받은 날까지 발생한 소득」만 감면한다고 정하고, 시행령 §66④은 일부 지역에서 편입 후 3년이 지나면 감면 대상에서 아예 뺍니다. 아래 수치는 2026-10-15 조문 기준 예시 기본값(기본세율, 기본공제 250만원, 장특공 20%)으로 계산했습니다.

먼저 갈림길 — 3년이 지나면 감면이 0원인 지역

양도일 현재 특별시·광역시(광역시의 군 제외)·시 지역(도농복합시의 읍·면, 제주 행정시의 읍·면 제외)의 주거·상업·공업지역에 있는 농지로서 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 감면 대상 토지가 아닙니다(시행령 §66④1). 군 지역이나 도농복합시의 읍·면이면 이 3년 배제는 없고, 아래 안분식으로 줄어든 감면만 받습니다.

예외도 있습니다. 대규모개발사업(사업시행면적 100만㎡ — 택지개발·대지조성사업은 10만㎡ — 이상이거나 토지소유자 1천명 이상)이 단계적으로 시행되거나 보상이 늦어진 경우, 국가·지방자치단체·공공기관이 시행하는 사업에서 사업시행자 책임으로 늦어진 경우 등은 3년이 지나도 감면 대상으로 남습니다(시행령 §66④1 각 목, 시행규칙 §27③~⑤).

판정기는 「3년이 지난」을 편입일의 3년 뒤 같은 날(그 날이 없으면 그 달 말일)의 다음 날부터로 계산합니다. 이 하루 경계를 직접 정한 예규는 확인하지 못했으니 경계 근처 거래는 세무서에 확인하세요. 환지예정지도 지정일부터 3년이 지나면 같은 방식으로 제외되며, 환지청산금으로 받는 부분은 예외입니다(§66④2).

안분식 — 편입일까지의 소득만 감면

예시 — 차익 2억 5천만원, 편입일까지 50%

양도차익 2억 5,000만원, 장특공 20%로 양도소득금액 2억원. 기준시가가 취득 1억원 → 편입일 3억원 → 양도 5억원이면 비율은 (3억 − 1억) ÷ (5억 − 1억) = 50%, 감면대상 소득금액은 1억원입니다.

기본공제는 감면소득 외의 소득에서 먼저 빼므로(소득세법 §103②) 편입 농지는 감면액이 산출세액의 딱 절반보다 조금 큽니다. 차익이 7억 5,000만원으로 커지면 같은 50% 안분에서도 감면액이 107,954,811원이 되어 다시 연 1억원 한도에 걸립니다 — 한도 계산은 농지 양도세 감면 한도 계산을 보세요.

2001년 이전 편입, 그리고 안분이 안 되는 경우

• 2001-12-31 이전 편입 — 편입일까지만 감면하는 §69① 단서는 2001년 말 개정(법률 제6538호)으로 들어왔습니다. 국세상담센터 Q&A는 도농복합시의 읍·면 지역 농지가 2001-12-31 이전에 편입되었으면 양도일까지 전체 소득을, 2002-01-01 이후 편입이면 편입일까지 소득만 감면한다고 안내합니다(경과조치 조문 번호는 원문 확인 필요).
• 기준시가가 내려간 경우 — 양도 당시 기준시가가 취득 당시보다 낮거나 같으면 분모가 0 이하라 산식이 성립하지 않습니다. 판정기는 「안분 불가」로 표시하고 비율을 직접 넣게 합니다. 이런 경우는 세무서·세무사에 처리 방법을 확인하세요.
• 편입 전에 산 농지 — 편입일 기준시가가 취득 기준시가보다 낮으면 비율이 0이 되어 감면소득이 없습니다.

제도 재검토 중 — 확정된 것은 없다

헤럴드경제(2026-06-09)는 정부가 자경농지 감면을 조세특례 심층평가 대상으로 보고 농지 이용 실태 전수조사를 추진한다고 보도했고, 한국경제(2026-09-09)는 감면 폐지 우려와 함께 경과조치·경작 기간별 차등 같은 대안이 거론되고 있다고 전했습니다. 2026-10-15 현재 정부안이나 법안으로 확정된 개편안은 없으며, 경영이양 3년 특례 기한(2026-12-31)을 연장하는 세제개편안 항목도 국회 의결 전이며 연장 기간은 원문 확인이 필요합니다. 양도 시점의 법령을 꼭 확인하세요.