농지전용 비용 총정리 — 농지보전부담금은 개발비용으로 공제된다, 농업인 주택·농업용 창고 감면까지

농지에 전원주택이나 창고를 지을 때 법이 정한 부담금은 크게 둘입니다. 허가 전에 내는 농지보전부담금, 준공 후 부과되는 개발부담금입니다. 둘은 따로 노는 돈이 아닙니다. 먼저 낸 농지보전부담금은 개발부담금을 계산할 때 개발비용으로 빠집니다. 그래서 단순 합계보다 실제 부담이 작습니다.

1. 두 부담금 한눈에

계산법은 각각 농지보전부담금 계산법과 개발부담금 대상 면적에 정리했습니다.

2. 농지보전부담금은 개발비용으로 빠진다

법 제11조 제1항은 개발비용에 「납부 의무자가 부담금을 납부하였을 경우에는 그 금액」을 넣습니다. 시행령 제12조 제1항 제6호는 이를 「부담금 납부액: 관계 법령이나 해당 개발사업의 인가등의 조건에 따라 국가 또는 지방자치단체에 납부한 부담금의 합계액」으로 정합니다. 양주시 개발부담금 안내도 개발비용 항목에 「지목변경취득세, 농지보전부담금, 대체초지조성비, 대체산림자원조성비 등」을 적고 있습니다.

지목변경 취득세도 공제 — 제8호는 제세공과금을 개발비용에 넣되, 토지를 취득하거나 보유하면서 낸 세금은 뺍니다. 그런데 그 단서가 「다만, 지목변경으로 인한 취득세는 제외한다.」입니다. 즉 토지 매입 취득세·재산세는 공제가 안 되고, 농지가 대지로 바뀌며 내는 지목변경 취득세는 공제됩니다.

농지보전부담금을 공제하지 않았다면 개발부담금은 25,734,375원이었습니다. 결국 농지보전부담금 1,650만원 중 412만 5천원은 개발부담금이 줄어드는 것으로 돌아오고, 실질 부담은 12,375,000원입니다. 다만 개발이익이 공제액보다 작으면 효과도 그만큼만 생깁니다. 공제 전 개발이익이 860만원이면 효과는 860만원 × 25%가 한도입니다.

3. 농업인이면 농지보전부담금이 0원일 수 있다

농지법 시행령 [별표 2]는 감면대상과 비율을 정합니다. 전원주택·창고와 관련해 자주 보는 항목은 셋입니다.

러목의 「3만㎡ 초과분 50%」 단서는 진흥지역 안 칸에만 있고, 진흥지역 밖은 면적과 관계없이 100%입니다. 이 3만㎡는 이번 전용면적만 보는 것이 아닙니다. 비고 1은 신청일 「이전 5년간 그 시설의 부지로 전용한 면적을 합산한 것으로 한다」고 정합니다. 예를 들어 진흥지역 안 공시지가 3만원 농지 20,000㎡를 농업용 시설로 전용하는데 5년 안에 같은 시설로 15,000㎡를 이미 전용했다면, 15,000㎡는 100% 감면, 나머지 5,000㎡는 50% 감면입니다. ㎡당 9,000원 × 20,000㎡ = 1억 8천만원에서 1억 5,750만원이 감면되어 22,500,000원을 냅니다.

비고 3은 농업진흥지역 해제를 수반하는 전용허가·신고에는 「농업진흥지역 안에 대한 감면비율을 적용한다」고 합니다. 농어업인 주택은 세대 요건·부지 면적 등 제29조 제4항 요건을 모두 갖춰야 하므로 시·군 농지부서에서 먼저 확인하세요. 일반 전원주택이나 비농업인의 창고는 감면이 없습니다.

4. 2,700㎡ 이하 소규모는 표준비용

개발비용 중 공사비는 영수증으로 증명하는 것이 원칙입니다. 법 제11조 제2항은 일정 면적 이하 사업이면 국토교통부장관이 고시하는 단위면적당 표준비용을 쓸 수 있게 하고, 시행령 제12조 제6항은 그 면적을 정합니다. 「법 제11조제2항에서 “대통령령으로 정하는 일정 면적”이란 2천700제곱미터를 말한다.」 납부 의무자가 원하지 않으면 실제 비용으로 계산합니다. 현행 고시는 국토교통부고시 제2025-689호(2026-01-01 시행, 2026-12-31까지)이고, 지역·지형별 단가는 고시 첨부표에서 확인해야 합니다.

5. 이 두 부담금 말고 드는 돈

• 지목변경 취득세 — 대지로 바뀌며 오른 가액에 붙습니다. 위에서 본 것처럼 개발부담금 계산에서는 공제됩니다. 부동산 취득 비용 계산기를 참고하세요.
• 산지·초지가 섞인 부지 — 대체산림자원조성비·대체초지조성비가 따로 나오고, 역시 부담금 납부액으로 개발비용에 들어갑니다.
• 부과 제외·감경 — 법 제7조는 국가·지자체·공공기관 사업, 비수도권 중소기업 공장용지 등을 감경하거나 면제합니다. 개인 전원주택·창고는 대개 해당하지 않지만, 지방의회 승인을 받은 지자체 경감(제7조 제4항)이 있는지 관할 시·군·구에 물어볼 만합니다.