납부세액 재계산 — 면세비율 5%p 변동, 건물 5%·기타 25% 체감과 경과 과세기간 세는 법

건물이나 기계는 여러 해 씁니다. 산 해에는 면세비율 30%로 안분해 70%를 공제받았는데, 이듬해 면세사업 비중이 40%로 커졌다면 그동안 과세사업에 덜 쓴 만큼 공제를 되돌려야 합니다. 이것이 납부세액(환급세액) 재계산입니다. 다만 비율이 조금 움직일 때마다 하지는 않고, 5%p 이상 차이가 날 때만 합니다.

요건 — 법 제41조

• 감가상각자산만 대상입니다. 국세청은 「납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 한하는 것이며」라고 회신했습니다(서이46012-11242, 2003). 재고·소모품은 재계산하지 않습니다.
• “5퍼센트 이상 차이”는 상대 변화율이 아니라 비율의 차(%p)입니다. 서삼46015-10542(2003)는 차이를 「귀 질의의 경우 10%-0%=10%」로 계산했습니다. 30%→35%는 5%p라 재계산하고, 30%→34.99%는 하지 않습니다.
• 비율이 내려가도 재계산합니다 — 시행령 제83조 제2항은 납부세액에 「가산 또는 공제」하는 세액이라고 씁니다. 면세사업을 접고 과세사업으로 전환해 비율이 떨어진 경우도 재계산한다는 회신이 있습니다(서면-2022-법규부가-5730, 2023).
• 신고는 확정신고 때 합니다. 예정신고에서는 하지 않습니다.

계산식과 체감률 — 시행령 제83조 제2항

• “해당 재화의 매입세액”은 그 자산의 매입세액 전액입니다. 안분 후 공제받은 금액이 아닙니다.
• 면세비율은 취득 때 쓴 종류대로 비교합니다. 공급가액 비율로 안분했으면 공급가액 비율로, 사용면적 비율로 안분했으면 사용면적 비율로 재계산합니다(시행령 제83조 제3항, 서면인터넷방문상담3팀-583).
• 재계산용 면세공급가액은 「해당 재화와 관련된 과세기간의 면세사업등에 대한 수입금액」입니다(시행규칙 제55조 제1항). 면세사업 관련 국고보조금 등은 시행령 제81조 제1항 괄호(「이 조부터 제83조까지」)에 따라 여기에도 더합니다.

경과된 과세기간 세는 법

시행령 제83조 제2항 후단은 제66조 제2항 후단을 준용합니다. 제66조 제2항 후단은 「경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.」고 정합니다.

• 과세기간 중간에 산 경우: 제83조 제5항은 「과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 해당 재화가 제1항에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 해당 재화를 취득하거나 해당 재화가 제1항에 해당하게 된 것으로 본다.」고 정합니다. 3월 15일에 샀어도 1월 1일에 산 것으로 봅니다.
• 재계산하는 과세기간은 세지 않음: 「재계산의 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간은 경과된 과세기간으로 계산하지 아니하는 것임」(부가46015-1561, 1995).
• 그래서 경과 과세기간 수 = 재계산 과세기간 − 취득 과세기간입니다. 2024년 1기에 산 건물을 2025년 1기에 재계산하면 2024년 1기·2기 두 개라 n = 2입니다.
• 취득일은 「당해 재화(감가상각자산)가 실제로 사업에 사용된 날을 의미하는 것임」(서면인터넷방문상담3팀-776, 2007). 장기할부로 산 경우에도 같습니다.
• 상한에 닿으면 (1 − 5% × 20) = (1 − 25% × 4) = 0이라, 비율이 아무리 바뀌어도 재계산 세액은 0원입니다.

예시 — 한 과세기간 판정(가상)

C8a·C8b는 사용개시일이 하루 차이인데 과세기간이 갈려(6/30은 1기, 7/1은 2기) n이 1 달라집니다. 사용개시일을 정확히 적어야 하는 이유입니다.

소액 특례로 전액 공제받은 자산 — 기준은 0%

취득 과세기간의 면세비율이 5% 미만이라 시행령 제81조 제2항으로 전액 공제받았다면, 재계산할 때 기준비율은 실제 비율(예: 3%)이 아니라 0%입니다. 재정경제부는 취득 과세기간에 적용하였던 비율은 「공통매입세액 안분계산시 적용하였던 비율을 의미하므로」 면세공급가액 비율이 0%라고 회신했습니다(재소비46016-313, 2003). 다만 현행 제81조 제2항 제1호에는 「다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다」는 단서가 있어, 위 C1 같은 매입세액 1억 원짜리 건물을 산 과세기간은 면세비율이 3%여도 전액 공제가 되지 않습니다(그때는 3%로 안분하고 3%가 기준비율). 0% 기준이 실제로 문제 되는 것은 그 과세기간 공통매입세액이 5백만원 미만인 작은 자산입니다. 위 두 회신은 이 단서가 생기기 전 사안이라, 현행 단서 아래에서도 같은 결론인지는 확인이 필요합니다. 예를 들어 그 과세기간 공통매입세액이 매입세액 400만 원짜리 소형 창고(2024년 1기 취득, 건물) 하나뿐이었고 면세비율이 3%라 전액 공제받았다면, 2025년 1기 면세비율이 9%일 때 0% 대비 9%p라 400만 × 90% × 9% = 324,000원을 가산합니다(가상). 반대로 4.99%면 재계산하지 않습니다.

기준비율은 재계산한 기간에만 바뀐다

법 제41조 괄호의 「그 후의 과세기간에 재계산한 때는 그 재계산한 과세기간」 때문에, 비교 기준은 마지막으로 재계산한 과세기간의 비율입니다. 5%p 미만이라 재계산하지 않은 기간의 비율은 기준이 되지 않습니다.

건물 매입세액 1억 원 기준(가상)입니다. 2024년 2기의 3%p는 그냥 지나가지만, 2025년 1기에 누적 6%p가 되어 재계산합니다(1억 × 90% × 6%). 2025년 2기에는 기준이 36%라 −4%p로 재계산하지 않고, 2026년 1기에 −6%p가 되어 1억 × 80% × 6%를 공제합니다. 누계는 +600,000원입니다.

재계산하지 않는 경우

• 그 자산을 이번 과세기간에 공급(매각 등): 「해당 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간에는 그 재화에 대한 영 제83조에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산을 하지 아니한다.」(시행규칙 제55조 제3항)
• 자가공급·면세전용 같은 간주공급(시행령 제66조): 「제66조가 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니한다.」(시행령 제83조 제4항)
• 취득 과세기간 자체, 체감이 끝난 자산(건물 20기·기타 4기 경과), 감가상각자산이 아닌 것

법인이 재계산으로 추가 납부한 부가가치세는 그 과세기간 종료일이 속하는 사업연도에 해당 감가상각자산의 취득가액에 더한다는 회신이 있습니다(서이46012-11242). 법인 사안 회신이므로 개인사업자는 따로 확인하세요.