공통매입세액 정산 — 공급가액 없는 신규·신축 기간의 예정면적 안분과 확정 과세기간 정산

1층은 병원(면세), 2층부터는 임대(과세)로 쓸 건물을 짓는 동안에는 매출이 없습니다. 그러면 “면세공급가액 ÷ 총공급가액” 비율 자체를 구할 수 없습니다. 시행령은 이런 기간에 쓸 대체 비율의 순서와, 나중에 실제 비율이 생기면 한 번에 맞추는 정산식을 따로 둡니다.

공급가액이 없을 때의 안분 순서 — 제81조 제4항

• 과세·면세 둘 다 없을 때만이 아니라 어느 한쪽만 없어도 이 순서를 씁니다.
• 기본 순서는 ① 매입가액 → ② 예정공급가액 → ③ 예정사용면적입니다. 앞 순위 비율을 구할 수 있는데 뒤 순위를 고르면 안 됩니다.
• 예외: 건물·구축물을 신축·취득해 과세·면세에 쓸 예정면적을 구분할 수 있으면 ③이 맨 앞입니다.
• “예정”의 뜻은 국세청 회신(재부가46015-45, 1993)이 「공통매입세액과 관련된 공급가액 또는 사용면적이 실제로 확정될 과세기간에 과세, 면세사업으로부터 발생이 예상되거나 과세, 면세사업으로 사용이 예상되는 것」이라고 풀었습니다.

건물에 ③을 썼다면 그 뒤 공급가액이 양쪽 다 생겨도 바로 공급가액 비율로 갈아타지 않습니다. 제81조 제5항은 「과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고」, 면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호로 정산하라고 정합니다.

정산식 — 제82조

• 1호(①·②로 안분한 경우)는 확정 과세기간의 공급가액 비율, 2호(③으로 안분한 경우)는 확정 과세기간의 사용면적 비율을 씁니다. 식의 모양은 같습니다.
• 결과가 플러스면 덜 공제받았던 것이라 그만큼 추가 공제, 마이너스면 더 공제받았던 것이라 납부세액에 가산합니다.
• “이미 공제한 세액”은 기간마다 공통매입세액에서 예정 비율로 계산한 불공제를 뺀 금액의 합계입니다.

예시 1 — 신축 건물, 예정면적 40% → 확정 45%(가상)

입주 뒤 실제 면세 사용면적이 45%로 확정됐습니다. 정산 후 공제액은 80,000,000 × (1 − 45%) = 44,000,000원이므로 44,000,000 − 48,000,000 = −4,000,000원, 즉 확정 과세기간 확정신고 때 납부세액에 4,000,000원을 더합니다.

예시 2 — 신규 사업, 예정공급가액 30% → 확정 25%(가상)

개업 준비 기간에 공통매입세액 20,000,000원을 예정공급가액 비율 30%로 안분해 14,000,000원을 공제했습니다. 이후 과세공급가액 7.5억, 면세공급가액 2.5억으로 비율이 25%로 확정됐습니다. 정산 후 공제액은 20,000,000 × 75% = 15,000,000원이므로 +1,000,000원 추가 공제입니다.

“확정되는 과세기간”은 언제인가

• 재부가46015-45는 「당해 재화를 과세사업과 면세사업에 사용하여 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 발생하는 과세기간」이라고 했습니다.
• 그래서 면세 쪽만 먼저 입주한 기간은 아직 아닙니다. 서면인터넷방문상담3팀-329(2005)는 「과세사업 부분은 사용하지 아니하고 면세사업의 사용면적만이 있는 과세기간은 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 해당하지 아니하는 것입니다」라고 회신했습니다.
• 정산 시기는 「당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산하는 것임」(서삼46015-11349, 2002)입니다. 신축건물을 면적으로 나눌 수 있는 경우도 「과세와 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액의 확정신고시 정산하는 것임」(부가가치세과-247, 2013)이라고 같은 취지로 회신했습니다. 두 회신은 구법(시행령 제61조·제61조의2) 조문 번호로 쓰였지만 현행 제81조 제4항·제82조와 구조가 같습니다.

안분을 안 하고 전액 불공제로 신고했다면

국세청은 공통매입세액을 안분하지 않고 전액 불공제로 신고한 경우에도 정산할 수 있고, 정산할 과세기간에 놓쳤다면 「국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구 기한 내에」 제81조 제5항·제82조에 따라 정산할 수 있다고 회신했습니다(서면법규과-1284, 2013).

정산 다음은 재계산

건물·기계처럼 감가상각자산이면 정산으로 끝나지 않습니다. 서삼46015-11959(2003)는 공급가액이 확정되는 과세기간에 「공통매입세액을 정산하고 동법시행령 제63조 규정에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여야 하는 것입니다」라고 했습니다(구 제63조 = 현행 제83조). 계산기는 정산을 마친 확정 과세기간의 비율을 이후 재계산의 기준비율로 넘깁니다. 이것은 회신 취지를 따른 도구 규약이라 화면에 “확인 필요”로 표시합니다. 재계산은 납부세액 재계산 해설에서 다룹니다.

체크리스트

• 그 과세기간에 과세·면세 공급가액 중 하나라도 없었는지(있으면 일반 안분 — 안분계산 해설)
• 건물·구축물이면 예정면적 구분이 가능한지(가능하면 ③ 우선)
• 각 기간 신고 때 실제로 쓴 예정 비율을 그대로 모았는지
• 확정 과세기간이 “과세·면세에 실제로 함께 사용해 비율이 생긴 기간”인지
• 정산 결과의 부호(+ 추가 공제, − 납부세액 가산)를 확인했는지