의제매입세액공제 실제로 얼마 아끼나: 원재료비 차감으로 늘어나는 소득세와 증빙·제외 대상

의제매입세액공제로 부가세가 500만원 줄었다고 해서 500만원을 그대로 아끼는 것은 아닙니다. 공제받은 금액만큼 원재료비가 줄어든 것으로 보기 때문에 종합소득세(법인은 법인세)가 늘어납니다. 그리고 공제는 증빙이 있어야 받습니다.

1. 공제액은 원재료비에서 빠진다

소득세법 시행령 제89조 제4항과 법인세법 시행령 제22조 제2항은 「부가가치세법」 제42조에 따라 공제받은 의제매입세액을 해당 원재료의 매입가액에서 공제한다고 정합니다. 장부상 재료비(필요경비·손금)가 공제액만큼 줄고, 그만큼 소득이 늘어 세금이 붙습니다.

2. 예시 F — 공제 4,954,128원이 남기는 돈

과세표준 1억 5,000만원, 면세 매입 6,000만원인 개인 음식점(공제율 9/109, 한도율 70%)은 한도 안에서 4,954,128원을 공제받습니다. 종합소득세 15% 구간(지방소득세 포함 16.5%)이라면:

공제를 받는 것이 여전히 유리합니다. 다만 「부가세 절감 = 순이익 증가」로 보면 소득세 신고 때 놀라게 됩니다. 장부 없이 추계(경비율)로 신고한다면 원재료비를 장부로 넣지 않으므로 효과가 다를 수 있고, 결손이 있거나 공제액이 세율 구간 경계를 넘나들면 이 근사와 달라집니다.

3. 증빙 — 세 가지 중 하나는 있어야 한다

의제매입세액공제신고서와 함께 다음 서류 중 하나를 제출합니다(부가가치세법 시행령 제84조 제5항).

• 매입처별 계산서합계표 (소득세법 제163조·법인세법 제121조의 계산서)
• 신용카드매출전표등 수령명세서 (신용카드·직불카드·현금영수증)
• 매입자발행계산서합계표

예외는 제조업자가 농어민에게 직접 산 경우뿐입니다. 이때는 의제매입세액공제신고서만 제출합니다(제5항 단서). 농어민은 작물재배업·축산업·작물재배 및 축산 복합농업, 임업, 어업, 소금 채취업에 종사하는 개인입니다(제6항). 음식점이 시장에서 증빙 없이 현금으로 산 재료는 이 특례가 적용되지 않습니다.

4. 공제 대상이 아닌 경우

• 간이과세자 — 간이과세자의 공제 항목에서 의제매입 호(부가가치세법 제63조 제3항 제2호)가 2020년 12월 22일 삭제됐습니다. 일반과세자만 공제받습니다.
• 운임 등 부대비용 — 매입가액은 운임 등 부대비용을 뺀 매입원가입니다(부가가치세 집행기준 42-84-5 ①, 일간NTN 2025-05-30 소개). 집행기준 사례에서도 축산물 구입액 24,400,000원 중 직접 낸 운임 400,000원을 빼고 24,000,000원을 공제 대상 가액으로 봅니다.
• 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 공급 — 부가가치세법 제42조 제1항 괄호로 제외됩니다.
• 공제 후 그대로 팔거나 다른 데 쓴 재료 — 공제받은 면세농산물을 그대로 양도·인도하거나 면세사업, 그 밖의 목적에 쓰면 공제액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺍니다(시행령 제84조 제4항). 재고·자가소비분은 계산기에 반영되지 않으니 따로 확인하세요.

5. 공제액 자체는 어떻게 정해지나

공제액은 min(면세 매입액, 과세표준 × 한도율) × 공제율입니다. 공제율은 업종·과세표준에 따라 9/109·8/108·6/106·4/104·2/102이고, 한도율은 2027년 말까지 우대 비율이 적용됩니다. 자세한 표는 9/109 vs 8/108 글과 공제한도 글에 있습니다.