폐업 부가세 신고, 감가상각자산은 언제·어떻게? 기한·겸영 안분·폐업 후 매각까지

폐업하면 그 반기의 남은 기간을 기다리지 않고 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 확정신고를 합니다. 남은 설비·건물·재고의 잔존재화 공급가액도 이 신고의 과세표준에 들어갑니다. 아래에서 기한 계산, 세금계산서 처리, 과세·면세 겸영사업자의 안분, 폐업 후 매각, 폐업 시기에 따른 세액 차이를 차례로 봅니다.

1. 신고 기한 — 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일

기한이 토요일·일요일·공휴일(대체공휴일 포함)·노동절이면 국세기본법 §5①에 따라 「그 다음날을 기한으로 한다」.

공휴일은 해마다 다르니 기한 주변에 공휴일이 있으면 달력을 확인하세요. 폐업일은 신고서를 낸 날이 아니라 시행령 §7①3의 「사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조제1항에 따른 폐업신고서의 접수일」입니다.

2. 세금계산서는 발급하지 않는다

잔존재화는 자기에게 공급한 것으로 보는 거래라 받는 사람이 없습니다. 시행령 §71①3은 「법 제10조제1항, 제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 재화」를 세금계산서 발급의무 면제 대상으로 정합니다. 따라서 잔존재화는 세금계산서 없이 폐업 확정신고 과세표준에 포함합니다. 신고서의 어느 칸에 적는지는 서식 원문을 대조하지 못했으니 홈택스 안내나 세무대리인 확인을 권합니다.

음식점처럼 의제매입세액을 공제받은 면세농산물 재고가 남았다면, 그 재고는 공급가액에 넣지 않습니다. 공제받은 의제매입세액을 납부세액에 더합니다(시행령 §84④, 사전-2023-법규부가-0699).

3. 과세·면세 겸영사업자 — 체감 먼저, 안분은 그다음

병원·학원처럼 과세와 면세 사업을 함께 하던 사업자가 폐업하면, 공통으로 쓰던 건물·설비의 잔존재화는 과세 비율만큼만 과세합니다. 국세청은 이렇게 회신했습니다.

즉 ① 취득가액 전체로 체감 공급가액을 구하고 ② 폐업일이 속한 반기의 직전 과세기간 과세공급가액 ÷ 총공급가액을 곱합니다. 직전 과세기간이 휴업 등으로 비어 있으면 가장 가까운 과세기간 비율을 씁니다(영 §63① 후단). 건물을 사용면적 비율로 안분·재계산해 왔다면 면적 비율을 씁니다(영 §63②).

예: 건물 10억 원을 2023-03-02부터 쓰다가 2026-02-10에 폐업했습니다. 경과 기간은 6이라 체감 공급가액은 10억 × 70% = 7억 원입니다. 직전 과세기간(2025년 2기) 과세공급가액 비율이 60%면 과세표준은 4억 2천만 원, 세액은 4,200만 원입니다. 신고 기한은 2026-03-25입니다.

전부 과세하는 예외(영 §63③)도 있습니다.

• 1호: 「재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우. 다만, 해당 재화의 공급가액이 5천만원 이상인 경우는 제외한다.」 — 면세 비율 3%인 사업장의 400만 원 비품은 전부 400만 원이 과세됩니다. 7억 원 건물은 단서에 걸려 안분하므로 6억 7,900만 원입니다.
• 2호: 「재화의 공급가액이 50만원 미만인 경우」 — 40만 원 비품은 비율과 상관없이 전부 과세됩니다.
• 3호: 폐업한 반기에 새로 사업을 시작해 직전 과세기간이 없는 경우.

여기서 「해당 재화의 공급가액」을 체감 후 금액으로 비교할지는 직접 다룬 회신을 찾지 못했습니다. 계산기는 체감 후 금액으로 비교하고 “원문 확인 필요”로 표시합니다. 또 “취득가액 × 공제받은 비율 × 체감률”처럼 순서를 바꿔 설명하는 해설도 있습니다. 이 방식은 공제 당시 비율과 직전 과세기간 비율이 같을 때만 결과가 같습니다. 공통매입세액 정산·재계산 이력이 있으면 세무대리인에게 확인하세요.

4. 폐업 후에 팔면 — 다시 과세하지 않는다

폐업하고 나서 설비나 건물을 팔면 부가세를 또 내야 하는지 자주 묻습니다. 국세청은 「폐업 시에 부가가치세가 과세되고, 폐업 후 양도 시에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것」이라고 답했습니다(부가가치세과-561). 지점 폐업 사례(서면-2020-법령해석부가-2141)도 같은 취지입니다. 반대로 폐업 전에 팔면 잔존재화가 아니라 일반 매출이라 세금계산서를 발급해야 합니다.

잔존재화로 낸 부가세는 나중에 건물을 팔 때 양도소득세 계산에서 취득가액에 들어갑니다. 현행 소득세법 시행령 제163조제1항제1호는 취득에 든 실지거래가액에 「「부가가치세법」 제10조제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함」한다고 정합니다. 필요경비가 아니라고 답한 2011년 국세청 회신(부동산거래관리과-0839)은 이 문언이 들어가기 전의 해석이므로 지금 기준으로 쓰면 안 됩니다.

5. 폐업 시기를 반기 단위로 옮기면

체감은 반기 단위라 같은 반기 안에서 폐업일을 옮겨도 세액은 같습니다. 반기를 넘기면 한 단계씩 줄어듭니다.

다만 폐업일은 실제로 사업을 그만둔 날이라, 신고만 늦춘다고 반기가 바뀌지 않습니다. 사업을 더 이어 가는 동안의 임차료·인건비·매출도 함께 따져야 합니다. 체감 계산 자체는 잔존재화 계산법 — 경과된 과세기간 세는 법, 과세 대상 판정은 잔존재화 과세 기준 총정리를 참고하세요.